L’un des objectifs de la campagne RESICOD qui s’est déroulée en Nouvelle-Calédonie en décembre 2010 était de produire un jeu de données barcodes ADN de référence pour les poissons du récif du lagon sud.

Objectif atteint, grâce à une collaboration des chercheurs d’entroPI avec l’UMR ISEM, le MNHN et le Genoscope. Un article nouvellement paru dans la revue Marine Ecology Progress Series valorise le jeu de données barcodes ainsi obtenu.

Ce jeu de données, qui comprend les séquences ADN du gène CO1 de 805 individus collectés en trois sites d’échantillonnage dans le lagon sud et sur la barrière récifale, représentant 270 espèces, a été comparé aux deux autres jeux de données existants chez les poissons récifaux de l’Indo-Pacifique, l’un de La Réunion et Madagascar et l’autre de Moorea. L’analyse de la distribution géographique des séquences, couplée à l’estimation de la divergence génétique entre populations d’une même espèce, montre qu’un fort pourcentage de ces espèces consistent probablement en des complexes d’espèces cryptiques. On peut conclure que ces dernières sont apparues par vicariance, c’est-à-dire par l’accumulation de différences génétiques dues à la mutation et à la dérive génétique en situation d’isolement géographique.

Lien vers l’article :

http://www.int-res.com/articles/meps_oa/m583p179.p...

Référence :

Hubert N, Dettai A, Pruvost P, Cruaud C, Kulbicki M, Myers RF, Borsa P (2017) Geography and life history traits account for the accumulation of cryptic diversity among Indo-West Pacific coral reef fishes. Mar Ecol Prog Ser 583: 179–193, 2017

ABSTRACT: Indo-West Pacific coral reef fishes form speciose ecological communities. A biogeographically meaningful interpretation of diversity patterns in this region requires accurate inventories of species. Previous studies have suggested that biogeographic scenarios for Indo-West Pacific coral reef fishes are compromised by an unacknowledged yet substantial amount of cryptic diversity. DNA barcoding, the use of a mitochondrial gene as an internal species tag for species identification, has opened new perspectives on global biodiversity. The present study, based on the largest DNA barcode reference library produced to date for Indo-West Pacific coral reef fishes, sheds new light on the extent of cryptic diversity and its evolutionary origin. We analyzed 3174 DNA barcodes for 805 species of coral reef fishes sampled at 3 different locations across the Indo- West Pacific (including 538 new DNA barcodes for 270 species sampled from New Caledonia). Among the 183 species with Indo-West Pacific distribution and multiple specimens analyzed, 78 (42.6%) were represented by 2 or more monophyletic lineages alternatively sorted between the sampling sites in the Indian and Pacific oceans and another 73 (40%) showed evidence of phylogeographic structure. Spatial analyses pointed to a detectable impact of geographic isolation on the emergence of cryptic diversity. The significant correlation of several life history traits to the maximum intraspecific genetic distances suggests that genetic divergence among geographically isolated cryptic lineages accumulated though mutation and genetic drift.

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